Gianni Francioni ha insegnato Storia della storiografia filosofica, Storia della filosofia moderna e contemporanea, Storia della filosofia
moderna, Storia della filosofia dell’Illuminismo e Laboratorio di storia della filosofia. Specialista della filosofia del Settecento, in
particolare dell’illuminismo lombardo, è autore di numerosi contributi, fra i quali si segnalano: i volumi La prima redazione del «Dei delitti e delle pene» (1981), Per conquistar paese alla ragione. Saggi sui Verri e sul «Caffè» (1999) e Gli illuministi e lo Stato. I modelli politici fra utopia e riforma (2012). A questi interessi affianca da molti anni lo studio dei Quaderni di Antonio Gramsci, che si è concretizzato nella  pubblicazione dei volumi L’officina gramsciana. Ipotesi sulla struttura dei «Quaderni del carcere» (1984), Tre studi su Gramsci (1988), Il raggio e i prismi. Per una nuova edizione dei «Quaderni del carcere» di Gramsci (1992), nella cura del collettaneo Un nuovo Gramsci. Biografia, temi, interpretazioni (2020, in collaborazione con F. Giasi) e nella direzione di due edizioni: Quaderni del carcere,vol. 1;Quaderni di traduzioni, 1929-1932 (2007); vol. 2/1; Quaderni miscellanei, 1929-1935 (2017; vol. 2/2-3 e vol. 3 in preparazione); Quaderni del carcere. Edizione anastatica dei manoscritti, 18 voll. (2009)